كانت إدارة مستشفى أم القرى والموظفين الطبيين والأخصائيين مؤهلين في مجال إدارة المرافق الصحية كما كان رئيسا للمجلس "استشاري الطب الباطني"؛ مدير عام، أخصائي في الجراحة العامة ومدير الشؤون الإدارية والموارد البشرية والمدير التنفيذي ومدير الخدمات الطبية، جميع الموارد كانت المتخصصة وذوي الخبرة في المسؤوليات المسندة. إدارة المستشفى قد حرصت على دعوة الخبراء الاستشاريين في تخصصات متعددة، وأساتذة من جميع أنحاء العالم الاستفادة من الخبرات والكفاءات آخذا بامتياز لإدخال أحدث التقنيات في الكشف المبكر والتشخيص والعلاج للأمراض الاستوائية وغير الاستوائية.